OPVK Phenogenomics

Znalost funkcí jednotlivých genů je klíčová pro budoucnost molekulární medicíny a revolučním způsobem bude ovlivňovat vývoj nových diagnostik a terapií. Myš, která je geneticky velmi blízká člověku, je ideálním organismem pro modelování fyziologických funkcí a onemocnění člověka. V ČR se doposud tomuto tématu věnovalo jen málo pozornosti. V Ústavu molekulární genetiky AV ČR byla v roce 2008 etablována transgenní core facility, specializované pracoviště vědeckého servisu, které zabezpečuje tvorbu různých typů myších mutantů, jejich archivaci i distribuci uživatelům. Zde leží základ Českého Centra fenogenomiky (Czech centre for Phenogenomics, CCP), které bude provázán s projektem BIOCEV. Kapacita světových center pro popis funkce genů je omezená a CCP má tak unikátní příležitost stát se jedním z důležitých hráčů v této oblasti na mezinárodní úrovni. Cílové vědecké skupiny urgentně potřebují nové centrum funkční genomiky s koncentrovaným know-how nejmodernějších technologií, aby bylo možné obstát v celosvětové konkurenci v této oblasti.

Projekt OPVK CZ 1.07/2.3.00/20.0102 „Vytváření expertního týmu centra fenogenomiky“ vytváří nové expertní centrum jako pracoviště v ČR unikátní a mezinárodně kompetitivní. Jeho dopad pozitivně ovlivní vývoj nových biotechnologií, kvalitu vědeckých publikací a zviditelní českou vědu v biomedicíně; z těchto důvodů je projekt financován z veřejných zdrojů. Hlavní inovace spočívá v zavedení nejpokročilejších metod tvorby mutantních modelů a propojení těchto technologií se standardizovanou fenotypickou charakterizací. Nejdůležitějším posunem po úspěšném řešení projektu bude možnost českých vědců spoluformovat nový vědní obor fenogenomiky, úzce spojený s individualizovanou terapií a vývojem nových léčiv, který studuje specifické funkce genu pomocí myších, případně jiných zvířecích modelů. Potřebnost projektu vyplývá zejména z mezinárodního vývoje, tj. přední vědecké světové skupiny charakterizují funkce genů přesněji, rychleji a s nižšími globálními náklady. Toto dění odráží i aktivity grantových institucí jako jsou Evropská komise prostřednictvím rámcových programů nebo americký National Institutes of Healths i požadavky mezinárodních farmaceutických a medicínských firem.

Cílem projektu je tedy vytvoření specializovaného a v rámci ČR unikátního týmu, který bude ovládat know-how tvorby a fenotypické analýzy (charakterizace vlivu genu na jednotlivé fyziologické systémy) biomedicínsky zajímavých mutantních modelů myší a jejich archivaci a distribuci. Etablovaný tým bude tvořit základ CCP, které je budováno v rámci ÚMG a následně v projektu BIOCEV. Tým se bude skládat z několika skupin, zabezpečujících tvorbu cílených mutací genetickými manipulacemi, včetně skupiny transgenní technologie a skupiny fenotypizační platformy, jejíž členové povedou jednotlivé fyziologické screeningové testy. V rámci tohoto projektu vznikne první, klíčová část týmu.

V rámci projektu budou vybráni a zaměstnáni expertní pracovnici a pracovnice se specifickou znalostí dané oblasti z ČR nebo ze zahraničí, kteří budou následně etablovat technologie a procesní standardy mezinárodních vědeckých konsorcií. Toto etablování zahrnuje průběžné zaškolování osob ve specializovaných centrech v zahraničí. V rámci panevropského konsorcia INFRAFRONTIER je možné osoby-specialisty vyslat do center pro fenogenomiku (tzv. myších klinik) v Německu, Francii, Velké Británii a dalších zemí. Další cílem je logistické provázání jednotlivých speciálních technologií a metod do takzvané „pipeline“, která bude vycházet ze zkušeností našich partnerských pracovišť z mezinárodních konsorcií. Po skončení projektu by měl být celý tým s vybudovaným pracovištěm a profesním know-how převeden nově vybudovaných prostor CCP (Českého centra fenogenomiky), které je součástí projektu BIOCEV, kde bude poskytovat potřebné odborné služby dalším vědeckým týmům projektu BIOCEV i externím uživatelům. Uskutečnění uvedených cílů zajistí této české infrastruktuře unikátní postavení a excelenci v ČR i v zahraničí. Tato strategie pak umožní efektivní start nového excelentního centra a jeho napojení na mezinárodní aktivity v rámci celosvětové tvorby encyklopedie funkce genů pod IMPC (International mouse phenotyping consorcium).

Celkový rozpočet projektu je 38 769 471,07 Kč. Hlavním zdrojem finančních prostředků pro projekt je Evropský sociální fond prostřednictvím operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost v gesci MŠMT a státní rozpočet České republiky.

Tým vědeckých pracovníků podpořený z projektu:

Martin Balaštík, PhD
Inken M. Beck, PhD
Monika Červinková, PhD
Trevor Epp, PhD
Martin Gregor, PhD
Karel Chalupský, PhD
Kallyanee Chawengsaksophak, PhD
Sandra Potyšová, MSc
Bjoern Schuster, PhD
Jolana Turečková, PhD

Libor Daněk, MA, LLB – projektový manažer
Jana Šafránková, BA – finanční manažer
Radislav Sedláček, Assoc. Prof., PhD – vedoucí projektu
Jiří Forejt, Prof., MD, DrSc – supervisor